Mäyräkoira on ihanasta luonteestaan huolimatta aika hankala tapaus. Energiaa piisaa kuin pienessä pitäjässä ja joskus koiran sisäsiisteyden opettaminen on vaikeaa ja toisissa tapauksissa jopa aikuiset koirat tekevät edelleen sisätiloihin.
Ihana koira kyllä noin muuten. Niin ja koiraa ei suositella otettavaksi asuntoon jossa on portaat. Pitkä selkä voi rasittua ja pahimmillaan koira voi halvaantua jatkuvasta selän taittumisista portaissa.
Mäyräkoirille voi tulla mäyräkoirahalvaus, joka on nimestään huolimatta mahdollinen myös muilla koiraroduilla, mutta varsinkin pitkärunkoisilla. Yleisesti tutumpi termi sairaudelle on välilevytyrä. Välilevytyrään sairastuneen koiran välilevymassa on jonkin trauman seuraksena pursunnut selkäydinkanavaan painaen siellä hermoja. Seuraksena voi olla täydellinen tai osittainen takaosan halvaantuminen. Hoitokeinoina käytetään kortisonia, B-vitamiinia, särkylääkkeitä ja täydellistä lepoa